片面/両面加工の選択のあるアイテムを登録できますか？

可能です。
登録の方法はご自由ですが、主には片面加工版、両面加工版の別アイテムとして登録する場合と、加工方法マスタで加工箇所を表面、裏面としてそれぞれ片面ずつ加工設定と料金を登録させて、1アイテム内でエリア選択させる場合があります。後者の場合、選択された(デザインを入れた)位置分での加工費＋ボディ代で価格が算出されます。